Orquídeas en Áreas Silvestres Protegidas

Introducción

La presente tarea tiene como objetivo principal la representación por medio de un mapa, la observación de las Áreas Silvestres Protegidas terrestres de Costa Rica y la ubicación de la cantidad de especies de Orquídeas que allí se encuentran.

Carga de librerias

library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(dplyr)
library(DT)
library(plotly)
library(spData)
library(tidyr)

Carga de datos

orqui <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )

asp <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

st_crs(orqui) = 4326
st_crs(asp) = 4326

Limpieza de datos

cat("\n Cantidad original de registros: ", nrow(orqui)) 

## 
##  Cantidad original de registros:  29863

orqui$species[orqui$species == ""] <- "No"

orqui <-
  orqui %>%
  filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) &
           coordinateUncertaintyInMeters <= 1000) %>%
  filter(species!="No")
cat(
  "\n Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ",
  nrow(orqui)
)

## 
##  Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:  20926

asp <- asp %>%
  filter(descripcio!="Area Marina de Manejo"&descripcio!="Area marina protegida")

Carga de registros asp

registros_asp <-
  asp %>%
  st_join(orqui) %>%
  group_by(nombre_asp) %>%
  summarize(especies = n_distinct(species, na.rm = TRUE))

st_crs(registros_asp) = 4326

Carga de paleta de colores

colores_especies <-
  colorNumeric(palette = "RdPu",
               domain = registros_asp$especies,
               na.color = "transparent")

Mapa!

leaflet() %>%
  addTiles(group = "OSM") %>%
  addPolygons(
    data = registros_asp,
    fillColor = ~ colores_especies(registros_asp$especies),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste("<strong>Localidad:</strong>",
            registros_asp$nombre_asp),
      paste(
        "<strong>Cantidad de especies:</strong>",
        registros_asp$especies
      ),
      paste("<strong>Área (km^2):</strong>",
            asp$area_km),
      paste("<strong>Descripción:</strong>",
            asp$descripcio),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Provincias - especies"
  ) %>%
  addCircleMarkers(
    data = orqui,
    stroke = F,
    radius = 2,
    fillColor = 'black',
    fillOpacity = 1,
    popup = paste(orqui$species),
    clusterOptions = markerClusterOptions(),
    group = "Registros asp"
  ) %>%
  addLayersControl(
    baseGroups = c("OSM"),
    overlayGroups = c("Provincias - especies", "Registros asp")
  ) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_especies,
    values = registros_asp$especies,
    group = "Provincias - especies",
    title = "Cantidad de especies"
  )