La presente tarea tiene como objetivo principal la representación por medio de un mapa, la observación de las Áreas Silvestres Protegidas terrestres de Costa Rica y la ubicación de la cantidad de especies de Orquídeas que allí se encuentran.
library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(dplyr)
library(DT)
library(plotly)
library(spData)
library(tidyr)
orqui <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
asp <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
st_crs(orqui) = 4326
st_crs(asp) = 4326
cat("\n Cantidad original de registros: ", nrow(orqui))
##
## Cantidad original de registros: 29863
orqui$species[orqui$species == ""] <- "No"
orqui <-
orqui %>%
filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) &
coordinateUncertaintyInMeters <= 1000) %>%
filter(species!="No")
cat(
"\n Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ",
nrow(orqui)
)
##
## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: 20926
asp <- asp %>%
filter(descripcio!="Area Marina de Manejo"&descripcio!="Area marina protegida")
registros_asp <-
asp %>%
st_join(orqui) %>%
group_by(nombre_asp) %>%
summarize(especies = n_distinct(species, na.rm = TRUE))
st_crs(registros_asp) = 4326
colores_especies <-
colorNumeric(palette = "RdPu",
domain = registros_asp$especies,
na.color = "transparent")
leaflet() %>%
addTiles(group = "OSM") %>%
addPolygons(
data = registros_asp,
fillColor = ~ colores_especies(registros_asp$especies),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste("<strong>Localidad:</strong>",
registros_asp$nombre_asp),
paste(
"<strong>Cantidad de especies:</strong>",
registros_asp$especies
),
paste("<strong>Área (km^2):</strong>",
asp$area_km),
paste("<strong>Descripción:</strong>",
asp$descripcio),
sep = '<br/>'
),
group = "Provincias - especies"
) %>%
addCircleMarkers(
data = orqui,
stroke = F,
radius = 2,
fillColor = 'black',
fillOpacity = 1,
popup = paste(orqui$species),
clusterOptions = markerClusterOptions(),
group = "Registros asp"
) %>%
addLayersControl(
baseGroups = c("OSM"),
overlayGroups = c("Provincias - especies", "Registros asp")
) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values = registros_asp$especies,
group = "Provincias - especies",
title = "Cantidad de especies"
)